食品安全檢測機(jī)構(gòu)相似度高、檢驗(yàn)項(xiàng)目重復(fù)。我國現(xiàn)有食品安全檢測機(jī)構(gòu)約1100家，這些檢測機(jī)構(gòu)隸屬于質(zhì)檢部門、門、門、食品藥品監(jiān)督管理部門、工商行政部門等。有些實(shí)驗(yàn)室之間從實(shí)驗(yàn)室設(shè)置、儀器種類甚至型號(hào)都相同，造成了很多檢測機(jī)構(gòu)的檢驗(yàn)項(xiàng)目一致，僅檢測的樣品不同。如門的檢測樣品多為蔬菜、水果、谷物等初級農(nóng)產(chǎn)品;質(zhì)監(jiān)部門的檢測樣品除原材料外，多為加工食品;FDA的檢測多為餐飲原料乳、魚、蛋、蔬菜、谷物等，以及部分餐飲產(chǎn)品。但這些檢測項(xiàng)目都具有高度的相似性，都包括細(xì)菌和霉菌檢測、化學(xué)污染檢測，而且大部分檢測機(jī)構(gòu)都能對細(xì)菌學(xué)檢驗(yàn)、農(nóng)藥殘留、重金屬、獸藥殘留等進(jìn)行檢測，而不能對等物質(zhì)進(jìn)行檢測。
產(chǎn)品檢測效能低由于食品的特殊性，特別是預(yù)包裝食品，檢測后就會(huì)失去食用價(jià)值，因此只能依靠抽樣檢測結(jié)果來推斷其總體水平。這樣就會(huì)存在抽樣誤差的問題，特別是目前我國的初級農(nóng)產(chǎn)品，由于分散式種、養(yǎng)，一個(gè)樣品并不一定具備代表性。例如對豬肉中進(jìn)行抽樣檢測，如果這些豬是從不同養(yǎng)殖戶那分散收購的，那么抽樣檢測幾乎沒有意義，即使抽樣率為90%，合格率是100%，也不敢肯定剩下的10%一定沒有問題，這樣就會(huì)使檢測的效能大大降低。
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